Юго-западный берег бухты Баклан образован северо-восточным берегом полуострова Клерка. Далее к северо-востоку простирается низкий песчаный берег вершины бухты, прорезанный устьем реки Пойма. Этот берег окаймлен песчаной отмелью с глубинами менее 5 м. Северный берег бухты возвышенный и скалистый. К северу от устья реки Пойма берега бухты поросли лесом и кустарником, к югу — травой и кустарником.

Глубины в бухте Баклан по направлению к берегам постепенно уменьшаются. Грунт в бухте песчаный, изредка попадается камень. Камни Баклан, простираются к северо-востоку от южного входного мыса бухты Баклан. Они представляют собой подводный риф, посредине которого расположена группа скал высотой до 2.4 м. Глубина у северо-восточной кромки рифа 3.9 м.